ادارته للأوقاف العامة كانت دائرة الأوقاف أحدى الوزارات العراقية حتى عام 1929 حيث ألغت المادة (8) من قانون الميزانية رقم 36لسنة 1929وزارة الأوقاف وأناطت ادارتها بمديرية عامة ترتبط مباشرة برئيس الوزراء وذلك أقتصادا بالنفقات وفي عام 1970 صدرنظام ديوان الأوقاف رقم 44لسنة1970 جاء في المادة (1) رئيس الجمهورية هوالرئيس الأعلى لديوان الأوقاف ويرأس ديوان الأوقاف موظف بدرجة وكيل وزارة ويساعده معاون أو اكثر ثم تم ربط ديوان الأوقاف في العام نفسه برئاسة الجمهورية ثم اعيد أستحداث وزارة الأوقاف عام 1976وفي عام 1979 أضيفت الى وزارة الأوقاف مهمة شؤون الطوائف الدينية الأخرى فأصبحت وزارة الأوقاف والشؤون الدينية حتى عام 2003 .لقد استلم رؤوف بك الكبيسي ادارة الأوقاف العامة وهي خاوية والفوضى ضاربة جميع مفاصلها والأعمال فيها هاوية ولانصيب للأصلاح فيها حتى انه رحمه الله لم يجد في ميزانيتها ما يسدد رواتب موظفيها وأئمتها فشمر الرجل عن ساعد الجد والعمل بكل ما أوتي من مثابرة وهمة ليواصل جهوده لرفع ادارة الأوقاف من كبوتها ورفع كفاءة موظفيها وعمالها وتجديد عقاراتها والأضافة لها ووضع خطط مستقبلية تضمن تطورها ورقي ادائها فقام بواجبه خير قيام ووهب كل حياته وتفكيره وراحته لهذه المؤسسة الدينية الجامعة والمهمة لكي تستطيع ان تؤدي واجباتها الدينية والشرعية والتنظيمية بنزاهة دائمة وأخلاص عام ووطنيه متناهيه ومن أعماله الجليلة فيها: 1.السعي لأضافة اوقاف جديدة الى قائمة الأوقاف السابقة وبما يضمن استغلال هذه الأوقاف لمقتضيات المصلحة العامة وادراجها في سجلات يجري ادامتها بشكل واضح ودقيق 2.توفير عدد من المحال والأبنية التابعة لعقارات الدولة العراقية وادراجها ضمن عقارات الأوقاف بعد استحصال الموافقات الرسمية من رئاسة الوزراء العراقية وبالتالي تأجيرها للتجار كمخازن او محلات للبيع مما يعود بالربح الى خزينة الأوقاف والتوسع في النشاط التجاري العام الذي تعود ارباحه لخزينة الدولة العراقية . 3.توفير السكن الملائم للأئمة والخطباء والموظفين والعاملين في دائرة الأوقاف العامة والدوائر الرسمية الأخرى وما يزيد من حاجة الأوقاف العامة يمكن تأجيره لموظفين آخرين من دوائر الدولة الأخرى. 4.المحافظة على أموال الأوقاف وأملاكها وتنظيم سجلات خاصة لحفظ أصولها وضبطها من قبل موظفين مؤهلين لذلك. 5.تحقيق عدد من المنافع والأيرادات لأستخدامها في أعمال الصيانة والتصليح والترميم للأبنية القديمة أو انشاء مشاريع عمرانيه جديدة تحقق الفائض العام لخزينة الأوقاف والدوائر المرتبطة بها . 6.انشاء عددمن الجوامع الجديدة والمساجد والقاعات العامة والمكتبات ودور كتب ومخطوطات تتناسب والحاجة الدائمة لها والتي تتناسب مع الزيادة العامة للسكان وحاجة الناس الدائمة لدورالعبادة وضرورة ايجاد موارد مالية تكفي لأدامة هذه الموقوفات الحيوية او انشاء الجديد منها كلما دعت الحاجة الى ذلك وبمجرد النظر الى انشاء الجوامع القديمة في بغداد تجد انها افتتحت عندما كان رؤوف الكبيسي مديرا لأدارة الأوقاف العامة . 7. اشرافه المباشر على المدرسة العلمية الدينيه وحرصه الشديد على متابعة فصولها وعلومها ودراساتها للوصول الى أفضل الطرق العلمية والمعرفيه في اصول الفقه والتفسير والشريعة والعقائد ومحاولة تطوير هذه المدرسه وتشجيع البحوث والدراسة فيها وتخصيص مكافئة مالية للخريجين الأوائل منها وكان الشيخ والقاريء المعروف الحافظ خليل اسماعيل رحمه الله أحد خريجي هذه المدرسة والأول على دورتها ونال بذلك المكافئة التقديرية لمدير الأوقاف العام وقدرها (30) دينار عراقي وكان في ذلك الوقت مبلغا لا بأس به وتم تعيينه بأمر رؤوف الكبيسي قارئا في مدرسة (نائله خاتون) في منطقة الحيدر خانه في بغداد . 8. اهتمامه الكبيربالمقدسات الأسلامية في النجف وكربلاء وحضوره الشخصي في كافة المناسبات الحسينية واشرافة الموقعي على اعمال الصيانة والتجديد والقاء كلمات تشيد بقدسية هذه المراجع ودورها الكبير في احياء علوم الدين واستحضارنهجها الشرعي والأنساني المتميز ورفعها لراية الجهاد الأكبر والجهاد الأصغر في سبيل الله ونشر احكام الدين الحنيف وسماحة مبادئه. كانت ادارته الناجحة للأوقاف العامة سببا في اعادته اليها أكثر من مرة ...لا يبخل جهدا ولا يهدر وقتا ولا يترك قرشا من اموال الأوقاف في ذمة أحد حتى انه حجز على اموال رئيس الوزراء نوري السعيد عندما تلكأ في تسديد الديون التي بذمته والعائدة الى ادارة الأوقاف العا مة .لكن عندما طلب منه العلامة السيد هبة الدين الشهرستاني عام 1940 احدى القاعات التابعة لأدارة الأوقاف (موقع غرفة تجارة بغداد / السيد طالب سلمان الغريفي ) لأستغلالها في القاء المحاضرات الدينية وابدى رغبته بالأستفادة من هذه القاعة لطلابه ومريديه لم يتوانى رؤوف الكبيسي عن الموافقة طالما انها تخدم العلم والعلماء ولتكون منهلا لأصول الدين وشريعته السمحاء . رحم الله من طلب ورحم الله من خصص واستجاب ولتبقى مكتبة الجوادين على رسولنا وعلى الساكنين بجوارها أفضل الصلاة وأتم التسليم صرحا خالدا ونبعا رافدا للثقافة ومنبعا للعلم والمعرفة وشاهدا على التسامح الديني والتجاوب مع متطلبات فضائاته دون تمييز بين مذهب وطائفة فالكل لله ومع الله فالمهم ان يسود الخير وتتعدد مصادره فالكل زائل الا ما ينفع الناس . يقول الأعشى في قصيدة له : اذا انت لم ترحل بزاد من التقى ولاقيت بعد الموت من قد تزودا ندمت على ان لا تكون كمثله وأنك لم ترصد لما كان أرصدا هذا هو من لا يعرف رؤوف الكبيسي رجل من معدن خاص لا يضاهيه كثير من اقرانه عاش ومات على شجاعته وعفته المطلقة.